L'acropoli di Lipari si innalza dalla piano costiera di Diana e si protende, con pareti scoscese, nel mare formando due insenature: Marina Lunga, a Nord, e Marina Corta a Sud. Il suo aspetto attuale è dato dalle possenti fortificazioni erette dagli Spagnoli nel XVI secolo inglobando resti di fortificazioni medioevali e di età greca risalenti, con tutta probabilità, al IV secolo a.C., al periodo cioè della maggior floridezza della Lipari greca.
 L'acropoli di Lipari si è rivelata, agli scavi effettuati dal 1950 in poi, come un immenso archivio nel quale sono conservati, in regolare sovrapposizione stratigrafica, le testimonianze di tutte le civiltà che si sono succedute nelle isole.
La zona archeologica (nella quale dopo saggi esplorativi praticati in tutta la superficie del Castello e poi ricoperti, si sono concentrati gli scavi) si estende a Ovest della strada principale che porta alla cattedrale ed è divisa in due parti dalla strada che dà accesso alle chiese dell'immacolata e dell'Addolorata. Cominciando dall'alto si osserva una strada rettilinea con direzione Est-Ovest uno dei cardines della città antica, che incrocia ad angolo retto un'altra strada diretta da Nord-Sud, che è invece uno dei decumani.
II cardo invece, in sensibile pendenza verso Est, aveva sul suo asse un canale di fognatura che raccoglieva, insieme con le acque piovane, anche gli spurghi delle case fronteggianti la strada. Di queste non restano che i muri perimetrali verso la strada stessa, ma si vede però chiaramente la sovrapposizione in struttura cementizia delle case, dei Il secolo d.C. Sotto il livello delle case ellenistiche e romane si estendono gli strati dell'età del Bronzo, con più ordini di capanne sovrapposte.
Nella grande trincea a Sud, l'Ausonio II (prima età del Ferro) è rappresentato solo da un breve tratto superstite dei muro perimetrale di una capanna, di cui è stato trovato anche all'interno il focolare. Nell'area a Nord, a questo periodo corrispondono resti di due distinte capanne sovrapposte. Delle costruzioni di questa età resta poco a causa delle loro scarse profondità. Ancor minori sono i resti edilizi riferibili al sottostante strato Ausonio I (tarda età del Bronzo) 1250-1 150 a.C. che si limitano a pochi spezzoni di muri rettilinei. Cospicui resti si hanno invece del villaggio della media età del Bronzo (civiltà dei Milazzese, 1400-1270 a.C.).
A questa età appartiene un gruppo di capanne ovali assai ravvicinate fra loro. Si tratta di capanne con muro perimetrale costruito con pietrame a secco e che dobbiamo supporre coperte con tetti di frasche e stoppie, forse rivestite con un impasto di argilla e paglia o alghe marine. Le capanne della media età del Bronzo si sovrappongono a più antiche capanne, di identica forma, appartenenti alla prima età del Bronzo (civiltà di Capo Graziano, 1800-1400 a.C. circa). Una di queste capanne mostra traccia di una ricostruzione, avvenuta in età più tarda (forse durante la media o la tarda età del bronzo).
Le capanne della prima età dei Bronzo si sovrappongono in almeno due ordini e parecchie di esse mostrano evidenti tracce di ricostruzioni nello stesso periodo. Il deposito archeologico scende per altri quattro o cinque metri al di sotto del suolo delle capanne della prima età del Bronzo. Esso è stato esplorato con pozzi di saggio, poi ricoperti nell'interno delle singole capanne e con più ampie trincee aperte più a Ovest, a fianco della salita alla cattedrale; e attraverso gli strati eneolitici e neolitici per arrivare a uno strato di terra gialla sterile, che ricopre la roccia. La strada di accesso alle chiese dell'immacolata e dell'Addolorata interrompe la zona archeologica dividendo la sezione Sud ora descritta dalla sezione Nord molto più ampia. Anche qui si notano in primo piano, proprio dinanzi alla balaustra della strada attuale, tratti del muro frontale delle case di età ellenistica e romana prospicenti verso il decumano e più oltre un lungo tratto di un altro cardo della stessa età, anch'esso perpendicolare al decumano e anch'esso solcato da una fognatura assiale. Resta traccia delle costruzioni che lo fiancheggiavano verso Nord. In questa zona settentrionale dello scavo sono molto più cospicui che nella meridionale i resti dell'Ausonio Il rappresentato, subito oltre la strada di accesso all'immacolata, da una grandiosa capanna rettangolare a spigoli, arrotondati, di cui si riconosce bene quasi tutto il perimetro e la porta di ingresso sul lato Nord-Est. E parzialmente ricoperta alla sua estremità Est del decumanus ellenistico e sotto il suolo l'approfondimento degli scavi ha messo in luce resti di altre capanne più antiche della media e della prima età del Bronzo, culture del Milazzese e di capo Graziano.
Interessante è la struttura di questa grande capanna la cui ossatura portante era in legname. Restano gli incavi dei pali nella muratura della parete che aveva una funzione di solo tamponamento. A Nord della grande capanna e dei suoi annessi che si sviluppano allo stesso livello sono (sempre sovrapposte a capanne rotonde più antiche, della i età del Bronzo) due grandi capanne dell'Ausonio I di cui quella in primo piano, parzialmente conservata, è di forma perfettamente circolare e forse coperta a volta come un trullo, ed è preceduta verso Nord da un andito di ingresso (dromos) fiancheggiato da un muro rettilineo.
L'altra, dietro ad essa è di forma più ovale, più allungata (focolare al centro, porta verso nord). Il suo estremo Sud-Ovest è troncato da una costruzione simile nella forma a una cisterna che è in realtà un deposito votivo (bothros) probabilmente di un santuario di Eolo di età greca arcaica (VIV secolo a.C.).
Si giunge così al secondo cardo ellenistico di cui abbiamo già parlato. In questo punto è chiarissima a sovrapposizione di resti di cinque diverse età, Ellenistica, Ausonio li, Ausonio I, Milazzese e Capo Graziano.
Nella zona a Nord del secondo cardo, fra esso e la ex chiesa di Santa Caterina, si ha, in primo piano, una interessante capanna dell'Ausonio I di insolita forma rettangolare (in parte rientrante sotto la strada moderna) e dopo questa e sul pendio di fronte, resti molto mutili di capanne della media e della prima età del bronzo. Il frutto di queste numerose campagne di scavi eseguiti sull'Acropoli, nelle stazioni preistoriche scoperte nelle isole minori (Panarea, Salina, Filicudi, Stromboli) nelle necropoli greche e romane di Lipari costituisce il Museo Eoliano.